В идеале, если эти переходные отверстия будут закрыты по технологии via in pad - это оптимальный вариант, который позволит наиболее эффективно наносить паяльную пасту, чтобы компонент не “поплыл” с одной стороны, а с другой стороны мы получили смачивание достаточной площади теплоотводной площадки. 

Закрывать отверстия только с одной стороны не рекомендуется ни в коем случае, так как образуется прослойка между паяльной пастой и, например, маской. В целом заполнять отверстия стоит по рекомендациям производителя.