Привязка (origin) компонента практически никак не влияет на дальнейший технологический процесс. В программе Altium Designer необходимый центр компонента определяется по координатам всех площадок, независимо от системы привязки (то есть берется так называемый центр координат).
Обычно все привязывают к первому выводу, но для удобства советуем делать по центру (если вдруг будет необходимо поменять Footprint, площадки сместятся симметрично).